Вас вітає Інтернет конференція!
Вітаємо на нашому сайті
РЕКОМЕНДАЦІЇ ПО ВИКОРИСТАННЮ ПРОГРАМНОЇ СИСТЕМИ ДЛЯ ВЕДЕННЯ КОЛЕКЦІЇ КЛІТИННИХ КУЛЬТУР ЛЮДИНИ
07.10.2021 22:18
[1. Інформаційні системи і технології]
Автор: Броварник В.В., к.ф.-м.н., доцент, Науково-учбовий центр прикладної інформатики НАНУ
Програмна система, що призначена для ведення колекції клітинних культур людини, заснована на використанні реляційної бази даних [1]. Вводити дані в таблиці бази даних можна безпосередньо, а також використовуючи спеціально розроблені для цього форми. Порядок введення даних визначений схемою зв’язків між таблицями.
При депонуванні клітинної культури депозитор надає сам біологічний матеріал і його паспортні дані, перелік яких затверджений правилами колекції. Між адміністрацією колекції і депозитором укладається договір депонування. В ньому вказується номер договору, дата підписання, інституцію депозитора, розмір плати за послугу, кінцева дата перебування в колекції, кількість наданих кріоампул. Тут вказується і колекційний номер клітинної культури, що надається. адміністрацією колекції.
Тепер можна почати вводити дані стосовно клітинної культури в базу даних колекції. Слід перевірити наявність даних про інституцію депозитора в таблиці Абревіатура. Ввести дані про підписаний договір в таблицю Договори депонування. Після цього доцільно почати вводити дані в таблицю Лінії. За кількістю полів це найбільша таблиця в базі даних. В таблиці Лінії поле Номер слугує полем первинного ключа. Зазвичай, колекційний номер – це простий числовий ідентифікатор або він складається з абревіатури назви колекції та порядкового номеру клітинної культури в колекції, що більше розраховано на зовнішнього користувача. Далі в запису йдуть поля Назва, Вид, Опис (містить короткий опис клітинної культури), Тканина/Орган (походження клітини), Пухлина, Група (позначка сукупності клітинних культур, що вирізняються притаманними їм властивостями, наприклад клітини нормальні, пухлинні, деформовані, іморталізовані.), Пасаж (пасаж первинної клітинної культури рахується як 0), Вік, Стать (якщо деякі з полів не є актуальними для колекції, то вони в таблиці включаються). Зазначену сукупність полів умовно названо Покажчик. Сукупність полів Депозитор, Дата (депонування), Мета, Колекції (назви інших провідних колекцій, де, як відомо, знаходиться така ж клітинна культура) названо Депонування. Дані стосовно середовища консервації, температури заморозки, життєздатності після розморожування в одному полі Зберігання. В полі Культивування містяться дані про спосіб культивування, культуральне середовище, субкультивування. Ще одну сукупність полів названо Особливості. В неї входять поля Морфологія (містить дані про форму і розмір клітини, її ядра, наявність ядерець), ФБ особливості (дані про важливі фізіологічно-біологічні характеристики клітин), Генетичні особливості (дані про кількість хромосом, плоїдність, маркери, мутації), Трансформація, Генна інженерія. А сукупність двох полів Видова ідентифікація (перелічені застосовані методи), Контамінації названо Контроль. Поля Публікація (є/нема), Дозвіл (дозвіл на поширення інформації є/нема) названо Дозвіл, а поля Тумарогенність і Група ризику – Безпека.
Для введення і редагування даних в таблиці Лінії створена форма Лінії, шо фактично об’єднала ряд спеціально розроблених форм.
Форма Лінії налічує кілька вкладок. Кожна вкладка має назву. Це назва або окремого поля, або сукупності полів, що характеризує окремий аспект опису клітинної культури і одержала зазначену вище умовну назву. При виборі вкладки відкривається пов’язана з нею однойменна форма.
В таблиці Лінії в описі клітинної культури зустрічаються літературні посилання. В таблиці Література представлений понумерований список літературних джерел. Якщо при введені даних в таблицю Лінії зустрічається літературне посилання на наявне в списку літературне джерело, то в таблиці Лінії Література вводиться запис, де вказується номер клітинної культури і номер (код) літературного джерела. Інакше попередньо запис про таке нове літературне джерело слід ввести в таблицю Література.
Іноді в колекції виникає потреба у збережені зображення клітинної культури. В такому випадку слід створити таблицю Зображення, що містить поля Номер (клітинної культури), Номер зображення, Підпис (текст, що супроводжує зображення), Посилання (гіперпосилання на файл, що містить саме зображення). Таблиця Зображення зв’язана з таблицею Лінії.
Якщо в колекції для ідентифікації та автентифікація клітинної культури використовується аналіз коротких тандемних повторів, то відповідні вихідні дані вводяться в таблицю STR.
Після цього можна вводити дані в таблицю Журнал зберігання, а потім і в таблицю Журнал використання. Таблиця Журнал зберігання містить поля Номер (колекційний номер клітинної культури), Номер закладки, Закладено (кріоампул), Резервуар (в форматі дюар, секція, касета, стакан), Дата (закладки). З таблицею Журнал зберігання пов’язана таблиця Журнал використання, що містить поля Номер (колекційний номер клітинної культури), Номер закладки, Резервуар, Номер вилучення, Вилучено (кріоампул), Дата (вилучення), Мета, Спосіб, Висновок. Якщо відбулася видача клітинного матеріалу на запит, то в таблиці Журнал видач відповідні дані вводяться в поля Номер, Назва (клітинної культури), Номер договору (на видачу), Прохач, Видано (кількість ампул), Дата (видачі).
Для опрацювання даних в зазначених вище таблицях також створені однойменні форми.
Ще одній формі в базі даних приділяється особлива увага.
Форма Головне меню слугує площадкою, з якої можна ознайомитися з важливими аспектами функціонування колекції клітинних культур людини. Кожна кнопка має назву. Головне меню – це кнопочна форма. Кнопка використовується для пошуку інформації, що відповідає її назві. Щоб ініціювати пошук слід натиснути кнопку і, при необхідності, ввести значення параметрів для уточнення критерію пошуку. Повідомлення про це з’являються на екрані монітора. Формат даних, що вводяться повинен співпадати з форматом, прийнятим для таких даних в базі даних. Так Початкова дата і Кінцева дата мають формат дд.мм.рррр (dd/mm/yyyy), наприклад, 01.04.2016. Прикладом номеру клітинної лінії може бути IEPOR 1 (абревіатура Інституту експериментальної патології, онкології, радіології англійською мовою), договору - 2-2016.
В Головному меню знаходиться кілька груп кнопок. Нижче наведені їх назви, а також назви кнопок в їх складі, нагадується про параметри, значення яких треба ввести в параметричному запиті, окреслюється вигляд очікуваного результату пошуку.
Група
Кнопка Параметри Результат
Основні відомості про лінії клітин
Номенклатура
Результат пошуку в формі звіту. Кожний запис містить поля Вид, Тканина/Орган, Опис, Назва.
Індекс розширений
Результат пошуку в формі звіту. Кожний запис містить поля Назва, Номер, Опис, Вид, Тканина/Орган, Пухлина
Паспорт Номер колекційний
Результат пошуку в формі звіту Паспорт. Документ створений на основі паспортних даних, наданих депозитором при депонуванні. Містить список літературних посилань.
Каталог
Результат пошуку в формі звіту Каталог. Обсяг і формат інформації про кожну клітинну лінію відповідає наданому в документі Паспорт.
Нові лінії Початкова дата та Кінцева дата
Результат пошуку інформує про число клітинних ліній, назви яких за вказаний період часу вперше були зареєстровані в колекції.
Зберігання
Карта вільних місць
Інформується про кількість вільних місць в стакані, де розміщені кріоампули в дюарі.
Заморожено кріоампул Початкова дата та Кінцева дата
Інформується про кількість кріоампул, заморожених за вказаний період часу.
Облік зберігання і використання
Інформується про номер клітинної лінії та загальну кількість кріоампул, що лишаються невикористаними після всіх закладок. Повідомляється в форматі дюар.сектор.касета.стакан місце, відведене під закладені кріоампули, а також дату закладки і кількість кріоампул, що були закладені та їх залишок.
Стосовно закладки повідомляється і про вилучення та використання її кріоампул. Вказується номер вилучення, дата вилучення, кількість кріоампул, мета, спосіб перевірки стану клітинної культури, висновок.
Карта руху і стану лінії Номер лінії
Інформується про номер, назву, опис клітинної лінії. Повідомляється про її стан і рух.
Видача на запит
Видача на запит за період
Початкова дата Кінцева дата
Інформується про всі видачі клітинних культур, що відбулися за вказаний період часу. Стосовно кожної видачі повідомляється номер договору, прохача і мету, з якою він збирається використати клітинну культуру, її назву, номер, кількість виданих ампул.
Видача лінії на запит
Номер лінії, Початкова дата, Кінцева дата
Інформується про всі видачі вказаної клітинної культури, що відбулися за вказаний період часу.
Повідомляється про номер договору, прохача і мету, з якою він збирається використати клітинну культуру, її назву, номер, кількість виданих ампул.
Адміністрування
Договір
Номер договору
Надається інформація про зазначений договір. Повідомляється його номер, інституцію депозитора, дата підписання, розмір плати за послугу, кінцева дата, завага.
Договори за період
Початкова дата, Кінцева дата
Інформується про договори, підписані протягом зазначеного періоду часу. Договори впорядковані за часом від початкової дати до кінцевої дати. Для кожної клітинної лінії вказується номер договору, розмір плати за послугу, вихідні дані про інституцію депозитора, заувагу.
Хронологія депонування
Повідомляється рік і кількість депонованих за цей рік клітинних ліній. Далі наводиться перелік депонованих ліній. Для кожної з них вказується дата депонування, назва та вид.
Пошукова система
Після натиску кнопки Пошук по номеру, Пошук по назві, Пошук по виду потрібно ввести значення параметру відповідно Номер, Назва, Вид. (Введене значення параметру починається з великої букви).
Знайдена інформація надається в формі звіту Індекс розширений і містить поля Назва, Номер, Опис, Вид, Тканина/Орган, Пухлина.
Після натиску кнопки Пошук по групі потрібно ввести позначку існуючої в колекції групи клітин.
Знайдена інформація надається в формі звіту і містить поля Група, Вид, Назва, Номер, Опис.
Після натиску кнопки Пошук по генетичним особливостям потрібно ввести фрагмент тексту, що має міститися в полі Генетичні особливості клітинної лінії. На початку та в кінці фрагменту тексту слід поставити *.
Знайдена інформація надається в формі звіту, де кожний запис містить поля Вид, Тканина/Орган, Назва, Номер, Опис, Генетичні особливості.
Аналогічно проводиться Пошук по області використання клітинної культури.
В Головному меню може міститися список гіперпосилань на інформацію про колекцію, можливості використання її ресурсів тощо.
Література:
1. Броварник В.В. Інформаційна система для колекцій клітинних культур з клітин людини та тварин. – УСиМ. – 2017, – № 1, С. 86 – 89.
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution 4.0 International License
Знайшли помилку? Виділіть помилковий текст мишкою і натисніть Ctrl + Enter
Інші наукові праці даної секції
-
КЛАСТЕРНИЙ АНАЛІЗ ПАРАМЕТРІВ ЗАЛІЗНИЧНИХ ДІЛЬНИЦЬ
21.10.2021 23:35 -
КОМП’ЮТЕРНА СИСТЕМА ДЛЯ СЕГМЕНТАЦІЇ ЗОБРАЖЕНЬ ЗАЛІЗНИЧНОГО ТРАНСПОРТУ
21.10.2021 23:32 -
АВТОМАТИЗОВАНІ РОБОЧІ МІСЦЯ ЯК НЕОБХІДНИЙ ЕЛЕМЕНТ ІНТЕЛЕКТУАЛЬНИХ СИСТЕМ УПРАВЛІННЯ ДЛЯ АГРАРНИХ ПІДПРИЄМСТВ
21.10.2021 23:29 -
ОПИС ВИКОРИСТАННЯ TAG-ХЕЛПЕРІВ У ПРОЕКТІ ASP.NET CORE ПО ТИПУ WEB APPLICATION (MODEL-VIEW-CONTROLLER)
21.10.2021 23:26 -
ВИКЛАДАННЯ ДИСЦИПЛІНИ МЕДИЧНА ІНФОРМАТИКА В ПЕРІОД ПАНДЕМІЇ COVID-19
21.10.2021 23:22
Конференції
Конференції 2024
Конференції 2023
Конференції 2022
Конференції 2021
